搜索

x

留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

甘氨酸色氨酸寡肽链的红外光谱的密度泛函研究

李鑫 羊梦诗 叶志鹏 陈亮 徐灿 储修祥

引用本文:
Citation:

甘氨酸色氨酸寡肽链的红外光谱的密度泛函研究

李鑫, 羊梦诗, 叶志鹏, 陈亮, 徐灿, 储修祥

DFT research on the IR spectrum of glycine tryptophan oligopeptides chain

Li Xin, Yang Meng-Shi, Ye Zhi-Peng, Chen Liang, Xu Can, Chu Xiu-Xiang
PDF
导出引用
  • 运用密度泛函理论, 在6-31 G(d) 基组水平上对甘氨酸色氨酸交替组成的六种寡肽链结构进行几何优化, 并进行了结合能和振动光谱地分析. 结果表明, 寡肽的生长利于结构的稳定性. 随着肽链的生长, 单一基团的振动存在蓝移或奇偶震荡现象; 同类官能团的耦合振动存在红移现象; 而肽链端部基团的振动频率基本不变. 这些丰富的频移现象和尺寸效应、耦合效应、诱导效应、奇偶效应等因素共同竞争有关. 该结果对应用红外光谱对寡肽链的残基数及长度地测量等工作有指导意义.
    By using the density functional theory, six structures of oligopeptides chain configuration, consisting of glycine and tryptophan alternatively, are optimized at the B3LYP/6-31 G(d) level. The average binding energy and IR spectrum are calculated. Results show that the stability of oligopeptides grows monotonously with the peptide chain growth. The vibration infrared spectrum analysis show that with the growth of oligopeptides peptide chain, the vibration frequency of one functional group shows blue shift or even-odd shift; while coupling vibration of the same functional group shows red shift, and steady frequencies at the end of chain appear on the infrared spectrum, that is to say, coupling effect, parity effect and size effect exist when, glycine tryptophan oligopeptides, consisting of glycine and tryptophan alternatively, change with peptide chain. The result is significant in measuring the length and number of residue of peptide chain.
    • 基金项目: 国家杰出青年科学基金 (批准号: 50925103)和2013年浙江省大学生科技创新活动计划 (新苗人才计划) 项目资助的课题.
    • Funds: Project supported by the National Science Fund for Distinguished Young Scholars of China (Grant No. 50925103), and the Science and Technology Innovation Plan of University Students (Xinmiao Personnel Plan) Item, Zhejiang province, China.
    [1]

    Toroz D, Van Mourik T 2006 Mol. Phys. 104 559

    [2]

    Bakker J, Plutzer C, Hunig I, Haber T, Compagnon I, von Helden G, Meijer G, leinermanns K 2005 Chem. Phys. Chem. 6 120

    [3]

    Abo-Riziq A G, Bushnell J E, Crews B, Callahan M P, Grace L, De Vries M S 2005 Int. J. Quantum Chem. 105 437

    [4]

    Hayakawa S, Hashimoto M, Matsubara H, Turecek F 2007 J. Am. Chem. Soc. 129 7936

    [5]

    Kapota C, Ohanessian G 2005 Phys. Chem. Chem. Phys. 7 3744

    [6]

    Santosh K, Amareshwar K R, Singh V B, Rai S B 2005 Spectrochim Acta A 61 2741

    [7]

    Medhat I, Abdel A M, Osama O, Mohamed A E, May E 2011 Spectrochim Acta A 81 724

    [8]

    Malgorzata B, Julien B, Ivan C, Pawel P, Vincenzo B 2012 J. Mol. Struct. 1009 74

    [9]

    Perczel A, MeAllister M A, Csaszar P, Csizmadia I G 1994 Can. J. Chem. 72 2050

    [10]

    Perezel A, Endredi G, MeAllister M A, Farkas O, Csaszar P, Ladik J, Csizmadia I G 1994 J. Mol. Struct. 331 5

    [11]

    Xu C, Cao J, Gao C Y 2006 Acta Phys. Sin. 55 4221 (in Chinese) [徐灿, 曹娟, 高晨阳 2006 物理学报 55 4221]

    [12]

    Cao J, Xu C, Zhu L F, Gao C Y 2007 Spectrosc. Spect. Anal. 27 1715 (in Chinese) [曹娟, 徐灿, 朱莉芳,高晨阳 2007 光谱学与光谱分析 27 1715]

    [13]

    Zhou G R, Teng X Y, Wang Y, Geng H R, Hur B Y 2012 Acta Phys. Sin. 61 066101 (in Chinese) [周国荣, 藤新营, 王艳, 耿浩然, 徐甫宁 2012 物理学报 61 066101]

    [14]

    Pan R Q, Xu Z J, Zhu Z Y 2007 Chin. Phys. Lett. 24 1321

    [15]

    Yao J N, Fu H B 2002 Physics 2 31 (in Chinese) [姚建年, 付红兵 2002 物理 2 31]

    [16]

    Wei J, Chen Y J, Xu Z 2012 Acta Phys. Sin. 61 057502 (in Chinese)[魏杰, 陈彦均, 徐卓 2012 物理学报 61 057502]

    [17]

    Li C, Hou Q Y, Zhang Z D, Zhang B 2012 Acta Phys. Sin. 61 077102 (in Chinese) [李聪, 侯清玉, 张振铎, 张冰 2012 物理学报 61 077102]

    [18]

    Yu W B, Liang L, Lin Z J, Ling S L, Haranczyk M, Gutowski M 2009 J. Comput. Chem. 30 589

    [19]

    Yu W, Wu Z, Chen H, Liu X, MacKerell A D, Lin Z 2012 J. Phys. Chem. B 116 2269

    [20]

    Yu W B, Xu X, Li H B, Pang R, Fang K, Lin Z J 2009 J. Comput. Chem. 30 2105

    [21]

    Wada K, Nakashita M, Bundo M 1998 Chem. Lett. 1 765

    [22]

    Becke A D 1988 Phys. Rev. A 38 3098

    [23]

    Frisch M J, Trucks G W, Schlegel H B 2004 Gaussian 09, Revision C. 01, Wallingford CT: Gaussian, Inc.

    [24]

    Xu C, Cao J, Zhu L F, Gao C Y 2006 Acta Phys. Chim. Sin. 22 451 (in Chinese) [徐灿, 曹娟, 朱莉芳, 高晨阳 2006 物理化学学报 22 451]

    [25]

    Chen L, Xu C, Zhang X F, Cheng C, Zhou T, Zhu L F 2009 Int. J. Quantum Chem. 109 349

    [26]

    Mario T R, Maria Leonor T S D, Rui F 1998 Vib. Spectrosc. 16 35

    [27]

    China Normal University 2011 analytical chemistry (Beijing: High Education Press) p91-96 (in Chinese) [华中师范大学等编 2011 分析化学第四版 (下册) (北京: 高等教育出版社) 第91–96页]

    [28]

    Yu W, Lin Z, Huang Z 2006 Chem. Phys. Chem. 7 828

  • [1]

    Toroz D, Van Mourik T 2006 Mol. Phys. 104 559

    [2]

    Bakker J, Plutzer C, Hunig I, Haber T, Compagnon I, von Helden G, Meijer G, leinermanns K 2005 Chem. Phys. Chem. 6 120

    [3]

    Abo-Riziq A G, Bushnell J E, Crews B, Callahan M P, Grace L, De Vries M S 2005 Int. J. Quantum Chem. 105 437

    [4]

    Hayakawa S, Hashimoto M, Matsubara H, Turecek F 2007 J. Am. Chem. Soc. 129 7936

    [5]

    Kapota C, Ohanessian G 2005 Phys. Chem. Chem. Phys. 7 3744

    [6]

    Santosh K, Amareshwar K R, Singh V B, Rai S B 2005 Spectrochim Acta A 61 2741

    [7]

    Medhat I, Abdel A M, Osama O, Mohamed A E, May E 2011 Spectrochim Acta A 81 724

    [8]

    Malgorzata B, Julien B, Ivan C, Pawel P, Vincenzo B 2012 J. Mol. Struct. 1009 74

    [9]

    Perczel A, MeAllister M A, Csaszar P, Csizmadia I G 1994 Can. J. Chem. 72 2050

    [10]

    Perezel A, Endredi G, MeAllister M A, Farkas O, Csaszar P, Ladik J, Csizmadia I G 1994 J. Mol. Struct. 331 5

    [11]

    Xu C, Cao J, Gao C Y 2006 Acta Phys. Sin. 55 4221 (in Chinese) [徐灿, 曹娟, 高晨阳 2006 物理学报 55 4221]

    [12]

    Cao J, Xu C, Zhu L F, Gao C Y 2007 Spectrosc. Spect. Anal. 27 1715 (in Chinese) [曹娟, 徐灿, 朱莉芳,高晨阳 2007 光谱学与光谱分析 27 1715]

    [13]

    Zhou G R, Teng X Y, Wang Y, Geng H R, Hur B Y 2012 Acta Phys. Sin. 61 066101 (in Chinese) [周国荣, 藤新营, 王艳, 耿浩然, 徐甫宁 2012 物理学报 61 066101]

    [14]

    Pan R Q, Xu Z J, Zhu Z Y 2007 Chin. Phys. Lett. 24 1321

    [15]

    Yao J N, Fu H B 2002 Physics 2 31 (in Chinese) [姚建年, 付红兵 2002 物理 2 31]

    [16]

    Wei J, Chen Y J, Xu Z 2012 Acta Phys. Sin. 61 057502 (in Chinese)[魏杰, 陈彦均, 徐卓 2012 物理学报 61 057502]

    [17]

    Li C, Hou Q Y, Zhang Z D, Zhang B 2012 Acta Phys. Sin. 61 077102 (in Chinese) [李聪, 侯清玉, 张振铎, 张冰 2012 物理学报 61 077102]

    [18]

    Yu W B, Liang L, Lin Z J, Ling S L, Haranczyk M, Gutowski M 2009 J. Comput. Chem. 30 589

    [19]

    Yu W, Wu Z, Chen H, Liu X, MacKerell A D, Lin Z 2012 J. Phys. Chem. B 116 2269

    [20]

    Yu W B, Xu X, Li H B, Pang R, Fang K, Lin Z J 2009 J. Comput. Chem. 30 2105

    [21]

    Wada K, Nakashita M, Bundo M 1998 Chem. Lett. 1 765

    [22]

    Becke A D 1988 Phys. Rev. A 38 3098

    [23]

    Frisch M J, Trucks G W, Schlegel H B 2004 Gaussian 09, Revision C. 01, Wallingford CT: Gaussian, Inc.

    [24]

    Xu C, Cao J, Zhu L F, Gao C Y 2006 Acta Phys. Chim. Sin. 22 451 (in Chinese) [徐灿, 曹娟, 朱莉芳, 高晨阳 2006 物理化学学报 22 451]

    [25]

    Chen L, Xu C, Zhang X F, Cheng C, Zhou T, Zhu L F 2009 Int. J. Quantum Chem. 109 349

    [26]

    Mario T R, Maria Leonor T S D, Rui F 1998 Vib. Spectrosc. 16 35

    [27]

    China Normal University 2011 analytical chemistry (Beijing: High Education Press) p91-96 (in Chinese) [华中师范大学等编 2011 分析化学第四版 (下册) (北京: 高等教育出版社) 第91–96页]

    [28]

    Yu W, Lin Z, Huang Z 2006 Chem. Phys. Chem. 7 828

  • [1] 邱梓恒, AhmedYousif Ghazal, 龙金友, 张嵩. 三乙胺分子构象与红外光谱的理论研究. 物理学报, 2022, 71(10): 103601. doi: 10.7498/aps.71.20220123
    [2] 邰建鹏, 郭伟玲, 李梦梅, 邓杰, 陈佳昕. GaN基微缩化发光二极管尺寸效应和阵列显示. 物理学报, 2020, 69(17): 177301. doi: 10.7498/aps.69.20200305
    [3] 吴晨晨, 郭相东, 胡海, 杨晓霞, 戴庆. 石墨烯等离激元增强红外光谱. 物理学报, 2019, 68(14): 148103. doi: 10.7498/aps.68.20190903
    [4] 许兵, 邱子阳, 杨润, 戴耀民, 邱祥冈. 拓扑半金属的红外光谱研究. 物理学报, 2019, 68(22): 227804. doi: 10.7498/aps.68.20191510
    [5] 张龙艳, 徐进良, 雷俊鹏. 尺寸效应对微通道内固液界面温度边界的影响. 物理学报, 2019, 68(2): 020201. doi: 10.7498/aps.68.20181876
    [6] 王安静, 方勇华, 李大成, 崔方晓, 吴军, 刘家祥, 李扬裕, 赵彦东. 面阵探测下的污染云团红外光谱仿真. 物理学报, 2017, 66(11): 114203. doi: 10.7498/aps.66.114203
    [7] 王颜, 杨玖, 王丽丹, 段书凯. 基于串并联磁控忆阻器的耦合行为研究. 物理学报, 2015, 64(23): 237303. doi: 10.7498/aps.64.237303
    [8] 阳喜元, 全军. 金属纳米线弹性性能的尺寸效应及其内在机理的模拟研究. 物理学报, 2015, 64(11): 116201. doi: 10.7498/aps.64.116201
    [9] 谷卓, 班士良. 纤锌矿结构ZnO/MgxZn1-xO量子阱中带间光吸收的尺寸效应和三元混晶效应. 物理学报, 2014, 63(10): 107301. doi: 10.7498/aps.63.107301
    [10] 任丹, 杜平安, 聂宝林, 曹钟, 刘文奎. 一种考虑小孔尺寸效应的孔阵等效建模方法. 物理学报, 2014, 63(12): 120701. doi: 10.7498/aps.63.120701
    [11] 羊梦诗, 李鑫, 叶志鹏, 陈亮, 徐灿, 储修祥. 丝素氨基酸寡肽链生长过程中的尺寸效应. 物理学报, 2013, 62(23): 236101. doi: 10.7498/aps.62.236101
    [12] 张祺, 厚美瑛. 直剪颗粒体系的尺寸效应研究. 物理学报, 2012, 61(24): 244504. doi: 10.7498/aps.61.244504
    [13] 周国荣, 滕新营, 王艳, 耿浩然, 许甫宁. 尺寸效应对Al纳米线凝固行为的影响. 物理学报, 2012, 61(6): 066101. doi: 10.7498/aps.61.066101
    [14] 孙中华, 王红艳, 王辉, 张志东, 张中月. 金纳米环双体尺寸和耦合效应对表面等离子体共振特性的影响. 物理学报, 2012, 61(12): 125202. doi: 10.7498/aps.61.125202
    [15] 刘晓东, 陶万军, 郑旭光, 萩原雅人, 孟冬冬, 张森林, 郭其新. 磁几何阻挫材料羟基氯化钴的中红外光谱特征. 物理学报, 2011, 60(3): 037803. doi: 10.7498/aps.60.037803
    [16] 周志东, 张春祖, 张颖. 外延铁电薄膜相变温度的尺寸效应. 物理学报, 2010, 59(9): 6620-6625. doi: 10.7498/aps.59.6620
    [17] 艾树涛, 蔡元贞. 与相变潜热有关的铁电-顺电相界动力学及其尺寸效应. 物理学报, 2006, 55(7): 3721-3724. doi: 10.7498/aps.55.3721
    [18] 孙友梅, 刘 杰, 张崇宏, 王志光, 金运范, 段敬来, 宋 银. 快重离子辐照聚酰亚胺潜径迹的电子能损效应. 物理学报, 2005, 54(11): 5269-5273. doi: 10.7498/aps.54.5269
    [19] 彭 麟, 谭惠丽, 孔令江, 刘慕仁. 开放性边界条件下双车道元胞自动机交通流模型耦合效应研究. 物理学报, 2003, 52(12): 3007-3013. doi: 10.7498/aps.52.3007
    [20] 王松有, 巨晓华, 李合印, 许旭东, 周鹏, 张荣君, 杨月梅, 周仕明, 陈良尧. Fe-Ag颗粒膜的光学与磁光尺寸效应. 物理学报, 2001, 50(11): 2252-2257. doi: 10.7498/aps.50.2252
计量
  • 文章访问数:  5765
  • PDF下载量:  819
  • 被引次数: 0
出版历程
  • 收稿日期:  2012-12-17
  • 修回日期:  2013-04-17
  • 刊出日期:  2013-08-05

/

返回文章
返回