搜索

x

留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

蛋白质晶体结构刚体优化的新方法

丁玮 江凡

蛋白质晶体结构刚体优化的新方法

丁玮, 江凡
PDF
导出引用
  • 将多元函数的变尺度法与两电子密度图的相关系数相结合,得到一种能够对蛋白质晶体结构进行刚体优化的新方法.初步测试结果表明,该方法能够明显地改善待测晶体的初始模型在晶胞中的取向和位置.而与最大似然方法相比,该方法可能更适用于搜索空间中存在大量局域极值点的情况.
    • 基金项目: 国家自然科学基金(批准号:10674172,10874229)资助的课题.
    [1]

    Trapani S, Navaza J 2008 Acta Cryst. D 64 11

    [2]

    Cohen S X, Ben Jelloul M, Long F, Vagin A, Knipscheer P, Lebbink J, Sixma T K, Lamzin V S, Murshudov G N, Perrakis A 2008 Acta Cryst. D 64 49

    [3]

    Long F, Vagin A A, Young P, Murshudov G N 2008 Acta Cryst. D 64 125

    [4]

    Vagin A, Teplyakov A 2010 Acta Cryst. D 66 22

    [5]

    Keegan R M, Winn M D 2008 Acta Cryst. D 64 119

    [6]

    McCoy A J, Grosse-Kunstleve R W, Adams P D, Winn M D, Storoni L C, Read R J 2007 J. Appl. Cryst. 40 658

    [7]

    Schwarzenbacher R, Godzik A, Jaroszewski L 2008 Acta Cryst. D 64 133

    [8]

    Konnert J 1976 Acta Cryst. A 32 614

    [9]

    Brunger A T, Adams P D, Rice L M 2006 International Tables for Crystallography F 375

    [10]

    Murshudov G N, Vagin A A, Dodson E J 1997 Acta Cryst. D 53 240

    [11]

    Press W, Teukolsky S, Vetterling W, Flannery B 1992 Numerical recipes in C Cambridge university press Cambridge p425

    [12]

    Lunin V Y, Woolfson M M 1993 Acta Cryst. D 49 530

    [13]

    Jiang F 2008 Acta Cryst. D 64 561

    [14]

    Jiang F, Ding W 2010 Chin. Phys. B 19 106101

    [15]

    Drenth J, Mesters J 2007 Principles of protein X-ray crystallography 3rd ed. Springer New York p84

    [16]

    Bailey S 1994 Acta Cryst. D 50 760

    [17]

    Upstill C 1988 Nature 333 613

    [18]

    Shoemake K 1985 SIGGRAPH Comput. Graph. 19 245

    [19]

    Ueno T, Koshiyama T, Ohashi M, Kondo K, Kono M, Suzuki A, Yamane T, Watanabe Y 2005 J. Am. Chem. Soc 127 6556

    [20]

    Vojtechovsky J, Chu K, Berendzen J, Sweet R M, Schlichting I 1999 Biophys. J. 77 2153

    [21]

    Zhang T, Wu L J, Gu Y X, Zheng C D, Fan H F 2010 Chin. Phys. B 19 096101

    [22]

    Zhang T, Wu L J, Gu Y X, Zheng C D, Fan H F 2010 Chin. Phys. B 19 086103

    [23]

    Bao W X, Zhu C C, Cui W Z 2005 Acta Phys. Sin. 54 5281 (in Chinese) [保文星、朱长纯、 崔万照 2005 物理学报 54 5281]

    [24]

    Liang W X, Zhang J J, Lu J F, Liao R 2001 Chin. Phys. 10 1129

  • [1]

    Trapani S, Navaza J 2008 Acta Cryst. D 64 11

    [2]

    Cohen S X, Ben Jelloul M, Long F, Vagin A, Knipscheer P, Lebbink J, Sixma T K, Lamzin V S, Murshudov G N, Perrakis A 2008 Acta Cryst. D 64 49

    [3]

    Long F, Vagin A A, Young P, Murshudov G N 2008 Acta Cryst. D 64 125

    [4]

    Vagin A, Teplyakov A 2010 Acta Cryst. D 66 22

    [5]

    Keegan R M, Winn M D 2008 Acta Cryst. D 64 119

    [6]

    McCoy A J, Grosse-Kunstleve R W, Adams P D, Winn M D, Storoni L C, Read R J 2007 J. Appl. Cryst. 40 658

    [7]

    Schwarzenbacher R, Godzik A, Jaroszewski L 2008 Acta Cryst. D 64 133

    [8]

    Konnert J 1976 Acta Cryst. A 32 614

    [9]

    Brunger A T, Adams P D, Rice L M 2006 International Tables for Crystallography F 375

    [10]

    Murshudov G N, Vagin A A, Dodson E J 1997 Acta Cryst. D 53 240

    [11]

    Press W, Teukolsky S, Vetterling W, Flannery B 1992 Numerical recipes in C Cambridge university press Cambridge p425

    [12]

    Lunin V Y, Woolfson M M 1993 Acta Cryst. D 49 530

    [13]

    Jiang F 2008 Acta Cryst. D 64 561

    [14]

    Jiang F, Ding W 2010 Chin. Phys. B 19 106101

    [15]

    Drenth J, Mesters J 2007 Principles of protein X-ray crystallography 3rd ed. Springer New York p84

    [16]

    Bailey S 1994 Acta Cryst. D 50 760

    [17]

    Upstill C 1988 Nature 333 613

    [18]

    Shoemake K 1985 SIGGRAPH Comput. Graph. 19 245

    [19]

    Ueno T, Koshiyama T, Ohashi M, Kondo K, Kono M, Suzuki A, Yamane T, Watanabe Y 2005 J. Am. Chem. Soc 127 6556

    [20]

    Vojtechovsky J, Chu K, Berendzen J, Sweet R M, Schlichting I 1999 Biophys. J. 77 2153

    [21]

    Zhang T, Wu L J, Gu Y X, Zheng C D, Fan H F 2010 Chin. Phys. B 19 096101

    [22]

    Zhang T, Wu L J, Gu Y X, Zheng C D, Fan H F 2010 Chin. Phys. B 19 086103

    [23]

    Bao W X, Zhu C C, Cui W Z 2005 Acta Phys. Sin. 54 5281 (in Chinese) [保文星、朱长纯、 崔万照 2005 物理学报 54 5281]

    [24]

    Liang W X, Zhang J J, Lu J F, Liao R 2001 Chin. Phys. 10 1129

  • 引用本文:
    Citation:
计量
  • 文章访问数:  5810
  • PDF下载量:  727
  • 被引次数: 0
出版历程
  • 收稿日期:  2010-07-06
  • 修回日期:  2010-12-07
  • 刊出日期:  2011-02-05

蛋白质晶体结构刚体优化的新方法

  • 1. 中国科学院物理研究所,北京凝聚态物理国家实验室,北京 100190
    基金项目: 

    国家自然科学基金(批准号:10674172,10874229)资助的课题.

摘要: 将多元函数的变尺度法与两电子密度图的相关系数相结合,得到一种能够对蛋白质晶体结构进行刚体优化的新方法.初步测试结果表明,该方法能够明显地改善待测晶体的初始模型在晶胞中的取向和位置.而与最大似然方法相比,该方法可能更适用于搜索空间中存在大量局域极值点的情况.

English Abstract

参考文献 (24)

目录

    /

    返回文章
    返回