搜索

文章查询

x

留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

λ噬菌体溶源/裂解转换调控与定态熵

冯维 丁辉 林昊 罗辽复

λ噬菌体溶源/裂解转换调控与定态熵

冯维, 丁辉, 林昊, 罗辽复
PDF
导出引用
导出核心图
  • 被λ噬菌体感染的大肠杆菌是研究生物基因调控网络的重要模板之一. 根据该调控系统操纵子与调控蛋白相互作用特点, 利用热力学配分函数描述调控蛋白与操纵子的结合概率, 在给出该调控系统的动力学分岔的基础上, 计算系统各定态的热力学熵. 结果显示, 溶源态和裂解态较鞍点和分岔点具有更低的熵值, 且溶源态的熵最低, 说明处于溶源态的系统具有更高的生物序.
    • 基金项目: 国家自然科学基金(批准号: 11047180, 90403010, 200408020102)和电子科技大学科研启动经费资助的课题.
    [1]

    Arkin A, Ross J, McAdams H H 1998 Genetics 149 1633

    [2]

    Ackers G K, Johnson A D, Shea M A 1982 Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 79 1129

    [3]

    Shea M A, Ackers G K 1985 J. Mol. Biol. 181 211

    [4]

    Yi M, Jia Y, Liu Q, Zhan X 2008 Acta Phys. Sin. 57 621 (in Chinese) [易鸣, 贾亚, 刘泉, 詹璇 2008 物理学报 57 621]

    [5]

    Aurell E, Brown S, Johanson J, Sneppen K 2002 Phys. Rev. E 65 051914

    [6]

    Santillan M, Mackey M C 2004 Biophys. J. 86 75

    [7]

    Wan X, Zhou J, Liu Z R 2012 Acta Phys. Sin. 61 010203 (in Chinese) [万茜, 周进, 刘曾荣 2012 物理学报 61 010203]

    [8]

    Bakk A, Metzler R, Sneppen K 2004 Biophys. J. 86 58

    [9]

    McAdams H H, Shapiro L 1995 Science 269 650

    [10]

    Aurell E, Sneppen K 2002 Phys. Rev. Lett. 88 048101

    [11]

    Tian T, Burrage K 2004 J. Theor. Biol. 227 229

    [12]

    Liu S B, Wu Y, Hao Z W, Li Y J, Jia N 2012 Acta Phys. Sin. 61 020503 (in Chinese) [刘少宝, 吴莹, 郝忠文, 李银军, 贾宁 2012 物理学报 61 020503]

    [13]

    Li R, Yan P L, Chen J, Li J, Li J, Zhang K W, Zhong J X 2009 Acta Phys. Sin. 58 6703 (in Chinese) [李蓉, 颜平兰, 陈健, 李俊, 李金, 张凯旺, 钟建新 2009 物理学报 58 6703]

    [14]

    Zhu X M, Yin L, Hood L, Ao P 2004 Funct. Integr. Genomics 4 188

    [15]

    Lou C B, Yang X J, Liu X L, He B, Ouyang Q 2007 Biophys. J. 92 2685

    [16]

    Wang S Y, Zhang Y P, Ouyang Q 2006 Phys. Rev. E 73 041922

    [17]

    Gedeon T, Mischaikow K, Patterson K, Traldi E 2008 Biophys. J. 94 3384

    [18]

    Morelli M J, Wolde P R, Allen R J 2009 Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 106 8101

    [19]

    Werner M, Aurell E 2009 Phys. Biol. 6 046007

    [20]

    Avlund M, Krishna S, Semsey S, Dodd I B, Sneppen K 2010 PLoS One 5 e15037

    [21]

    Cao Y, Lu H M, Liang J 2010 Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 107 18445

    [22]

    Joh R I, Weitz J S 2011 PLOS Comput. Biol. 7 e1002006

    [23]

    Nicolis G, Prigogine I 1977 Self-Organization in Nonequilibrium Systems (New York: Wiley Publishing)

    [24]

    Lehninger A L 1982 Principles of Biochemistry (Delhi: CBS Publishers and Distributors)

    [25]

    Ding H, Luo L 2009 Chin. Phys. Lett. 26 098701

    [26]

    Ding H, Luo L F, Lin H 2011 Commun. Theor. Phys. 55 371

    [27]

    Luo L F 2009 Front. Phys. China 4 122

    [28]

    Stoll G, Rougemont J, Naef F 2006 Bioinformatics 22 2539

    [29]

    Schrödinger E 1945 What is Life? (Cambridge: Cambridge University Press) p24

    [30]

    Luo L F 2010 Sci. Tech. Rev. 28 106 (in Chinese) [罗辽复 2010 科技导报 28 106]

  • [1]

    Arkin A, Ross J, McAdams H H 1998 Genetics 149 1633

    [2]

    Ackers G K, Johnson A D, Shea M A 1982 Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 79 1129

    [3]

    Shea M A, Ackers G K 1985 J. Mol. Biol. 181 211

    [4]

    Yi M, Jia Y, Liu Q, Zhan X 2008 Acta Phys. Sin. 57 621 (in Chinese) [易鸣, 贾亚, 刘泉, 詹璇 2008 物理学报 57 621]

    [5]

    Aurell E, Brown S, Johanson J, Sneppen K 2002 Phys. Rev. E 65 051914

    [6]

    Santillan M, Mackey M C 2004 Biophys. J. 86 75

    [7]

    Wan X, Zhou J, Liu Z R 2012 Acta Phys. Sin. 61 010203 (in Chinese) [万茜, 周进, 刘曾荣 2012 物理学报 61 010203]

    [8]

    Bakk A, Metzler R, Sneppen K 2004 Biophys. J. 86 58

    [9]

    McAdams H H, Shapiro L 1995 Science 269 650

    [10]

    Aurell E, Sneppen K 2002 Phys. Rev. Lett. 88 048101

    [11]

    Tian T, Burrage K 2004 J. Theor. Biol. 227 229

    [12]

    Liu S B, Wu Y, Hao Z W, Li Y J, Jia N 2012 Acta Phys. Sin. 61 020503 (in Chinese) [刘少宝, 吴莹, 郝忠文, 李银军, 贾宁 2012 物理学报 61 020503]

    [13]

    Li R, Yan P L, Chen J, Li J, Li J, Zhang K W, Zhong J X 2009 Acta Phys. Sin. 58 6703 (in Chinese) [李蓉, 颜平兰, 陈健, 李俊, 李金, 张凯旺, 钟建新 2009 物理学报 58 6703]

    [14]

    Zhu X M, Yin L, Hood L, Ao P 2004 Funct. Integr. Genomics 4 188

    [15]

    Lou C B, Yang X J, Liu X L, He B, Ouyang Q 2007 Biophys. J. 92 2685

    [16]

    Wang S Y, Zhang Y P, Ouyang Q 2006 Phys. Rev. E 73 041922

    [17]

    Gedeon T, Mischaikow K, Patterson K, Traldi E 2008 Biophys. J. 94 3384

    [18]

    Morelli M J, Wolde P R, Allen R J 2009 Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 106 8101

    [19]

    Werner M, Aurell E 2009 Phys. Biol. 6 046007

    [20]

    Avlund M, Krishna S, Semsey S, Dodd I B, Sneppen K 2010 PLoS One 5 e15037

    [21]

    Cao Y, Lu H M, Liang J 2010 Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 107 18445

    [22]

    Joh R I, Weitz J S 2011 PLOS Comput. Biol. 7 e1002006

    [23]

    Nicolis G, Prigogine I 1977 Self-Organization in Nonequilibrium Systems (New York: Wiley Publishing)

    [24]

    Lehninger A L 1982 Principles of Biochemistry (Delhi: CBS Publishers and Distributors)

    [25]

    Ding H, Luo L 2009 Chin. Phys. Lett. 26 098701

    [26]

    Ding H, Luo L F, Lin H 2011 Commun. Theor. Phys. 55 371

    [27]

    Luo L F 2009 Front. Phys. China 4 122

    [28]

    Stoll G, Rougemont J, Naef F 2006 Bioinformatics 22 2539

    [29]

    Schrödinger E 1945 What is Life? (Cambridge: Cambridge University Press) p24

    [30]

    Luo L F 2010 Sci. Tech. Rev. 28 106 (in Chinese) [罗辽复 2010 科技导报 28 106]

  • [1] 史旺林, 宋太平, 侯晨霞. Vaidya-Bonner黑洞的熵. 物理学报, 2002, 51(6): 1398-1402. doi: 10.7498/aps.51.1398
    [2] 赵峥, 张靖仪. 直线加速动态黑洞Dirac场的熵. 物理学报, 2002, 51(10): 2399-2406. doi: 10.7498/aps.51.2399
    [3] 强丽娥, 高新芹, 赵 峥. 动态黑洞温度和熵的再讨论. 物理学报, 2004, 53(10): 3619-3626. doi: 10.7498/aps.53.3619
    [4] 王波波. 环面黑洞背景下量子场的熵. 物理学报, 2004, 53(7): 2401-2406. doi: 10.7498/aps.53.2401
    [5] 郑元强. 动态广义球对称含荷黑洞Dirac场的熵. 物理学报, 2006, 55(7): 3272-3276. doi: 10.7498/aps.55.3272
    [6] 郑元强. 球对称动态黑洞Dirac场的熵的再讨论. 物理学报, 2007, 56(3): 1266-1270. doi: 10.7498/aps.56.1266
    [7] 李蕊轩, 张勇. 熵在非晶材料合成中的作用. 物理学报, 2017, 66(17): 177101. doi: 10.7498/aps.66.177101
    [8] 宋太平, 侯晨霞, 黄金书. 一般球对称带电蒸发黑洞的熵. 物理学报, 2002, 51(8): 1901-1906. doi: 10.7498/aps.51.1901
    [9] 孙学锋, 刘文彪, 景 玲. 黑洞熵无截断薄层模型的改进与推广. 物理学报, 2004, 53(11): 4002-4006. doi: 10.7498/aps.53.4002
    [10] 向俊杰, 毕闯, 向勇, 张千, 王京梅. 峰值电流模式控制同步开关Z源变换器的动力学研究. 物理学报, 2014, 63(12): 120507. doi: 10.7498/aps.63.120507
  • 引用本文:
    Citation:
计量
  • 文章访问数:  1559
  • PDF下载量:  458
  • 被引次数: 0
出版历程
  • 收稿日期:  2011-12-12
  • 修回日期:  2012-02-16
  • 刊出日期:  2012-08-20

λ噬菌体溶源/裂解转换调控与定态熵

  • 1. 电子科技大学生命科学与技术学院, 神经信息教育部重点实验室, 生物信息中心, 成都 610054;
  • 2. 内蒙古大学 物理科学与技术学院, 理论生物物理实验室, 呼和浩特 010021
    基金项目: 

    国家自然科学基金(批准号: 11047180, 90403010, 200408020102)和电子科技大学科研启动经费资助的课题.

摘要: 被λ噬菌体感染的大肠杆菌是研究生物基因调控网络的重要模板之一. 根据该调控系统操纵子与调控蛋白相互作用特点, 利用热力学配分函数描述调控蛋白与操纵子的结合概率, 在给出该调控系统的动力学分岔的基础上, 计算系统各定态的热力学熵. 结果显示, 溶源态和裂解态较鞍点和分岔点具有更低的熵值, 且溶源态的熵最低, 说明处于溶源态的系统具有更高的生物序.

English Abstract

参考文献 (30)

目录

    /

    返回文章
    返回